La "oceanografía química" (la división es un producto nuestro) estudia, simplemente, el océano desde el punto de vista químico. Se encuentra estrechamente relacionada con al menos cuatro áreas básicas: física, química, biología y geología, además de la limnología, lo que le confiere un sabor multidisciplinario único. Sin embargo, en nuestro planeta el océano y los sistemas acuáticos están integrados en uno solo, lo que cambia es la forma de estudiarlo y el tipo de procesos que deseamos comprender, así que este término no parece ser el más correcto. Si bien el enfoque analítico, de separar las partes de la realidad para estudiarla es muy útil, para la comprensión profunda de ésta es necesaria la síntesis, la reintegración de la información.
En contraparte, el término "química acuática" hace referencia constante a los aspectos físicos, biológicos y geológicos que están inevitablemente asociados a los procesos químicos en los cuerpos de agua. Además, engloba a todos los tipos de sistemas acuáticos distintos al océano que existen en nuestro planeta como ríos, lagos, embalses, cenotes, charcas, estuarios, fiordos, lagunas costeras, ríos subterráneos y humedales.
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